Der Ort wurde im Jahre 1700 durch Heinrich von Bünau gegründet und war seiner Anlage nach ein Straßendorf, das auf dem gerodeten Prößdorfer Wald erbaut wurde. Es war zu Prößdorf eingepfarrt. Nicht viel ist über die Geschichte bekannt, aber um 1705 soll neben den ersten Baustätten auch bereits eine Schenke errichtet worden sein.

1861 begann der Chausseebau von Meuselwitz nach Lucka, direkt an Bünauroda vorbei. Um 1900 erfasste der Bergbau die Flur Bünauroda und führte zur Vergrößerung des Dorfes. 1927 gab es im Ort 140 Einwohner. Zu dieser Zeit gehörte der Ort zum Amtsgericht Meuselwitz, kirchlich und schulisch noch zu Prößdorf, standesamtlich zu Lucka.

1947 wurde die neue Straße Falkenhain - Bünauroda eingeweiht, die lange Zeit durch den Braunkohlenabbau unterbrochen war und im Jahre 1950 wurde der Ort zu Meuselwitz eingemeindet. 1954/55 wurde die Kegelbahn erbaut, nach Modernisierungen eine heute noch gern genutzte Wettkampfstätte.

Auch für Bünauroda wurde als Alternative zur Fernwärmeversorgung der Neuanschluss an die Versorgungsleitung Erdgas im Jahre 1993 realisiert. Damit verbunden erfolgte dann 1994 die Straßensanierung. Der ehemalige Feuerlöschteich wurde 1993 zu einem attraktiven Teichensemble umgestaltet, als Ergänzung konnte dazu 1994 ein neuer Kinderspielplatz angrenzend an das Teichgelände geschaffen werden.